Το Ι.ΜΕ.ΠΟ. έχει θέσει για την περίοδο 2005-2007 τους ακόλουθους στόχους:

• Διαρκής στελέχωση του Ι.ΜΕ.ΠΟ. με διοικητικά και επιστημονικά στελέχη από την Ελλάδα και το εξωτερικό βάσει του κανονισμού λειτουργίας του και της εξέλιξης των αναγκών του.
• Εξοπλισμός του Ι.ΜΕ.ΠΟ. με την απαιτούμενη υλικοτεχνική υποδομή για τη δημιουργία βάσης δεδομένων.

• Ανάπτυξη επιστημονικής δραστηριότητας σχετικά με την ένταξη των μεταναστών
• Συμμετοχή και οργάνωση ερευνητικών προγραμμάτων, συνεδρίων και σεμιναρίων
• Προκήρυξη μελετών με στόχο την αποτύπωση των πτυχών του μεταναστευτικού φαινομένου στην Ελλάδα
• Έκδοση περιοδικών, βιβλίων και επιστημονικών μελετών
• Εμπλουτισμός της βιβλιοθήκης με ενδεδειγμένα και επίκαιρα συγγράμματα
• Δημιουργία βάσης δεδομένων για τη στατιστική αποτύπωση και κατανόηση των μεταναστευτικών ρευμάτων.
• Ανάπτυξη διασυνδέσεων με έγκριτους κρατικούς και μη φορείς στην Ελλάδα και το εξωτερικό καθώς και με την Ευρωπαϊκή Ένωση
• Σχεδιασμός επικοινωνιακής πολιτικής
• Δημιουργία δυναμικής ιστοσελίδας για την ενημέρωση και την επικοινωνία των ενδιαφερομένων